კრისტალის ისტორია 1995 წლიდან იწყება. აფხაზეთიდან იძულებით გადაადგილებულმა პირებმა არაკომერციული ორგანიზაცია, საქველმოქმედო ჰუმანიტარული ცენტრი „აფხაზეთი“ დააარსეს. მათ შორის იყვნენ კრისტალის დამფუძნებელი და სამეთვალყურეო საბჭოს თავმჯდომარე არჩილ ბაკურაძე და აქტივისტი, სოციალური მეწარმე ალუ გამახარიაც.
3 წლის შემდეგ ცენტრმა მაშველთა საერთაშორისო კომიტეტის 10 000 აშშ დოლარის სასესხო კაპიტალით წამოიწყო მიკრო დაკრედიტების საპილოტე პროგრამა, რომელსაც პოზიტიური შედეგები მალევე მოჰყვა. მისი დახმარებით, მიკროდაფინანსება დასავლეთ საქართველოში ათასობით მიკრო მეწარმემ მიიღო. ორგანიზაციამ კი გრანტები USAID-ისგან, ჰოლანდიის ლტოლვილთა ფონდისა (Stichting Vluchteling) და გაეროს ლტოლვილთა უმაღლესი კომისარიატისგან მოიპოვა, რამაც განახლებადი საკრედიტო ხაზი 352 000 აშშ დოლარით გაზარდა.
2001 წლისთვის მიკროსაფინანსო პროგრამა მიკრისაფინანსო ინვესტიციებსა და კომერციულ ბანკებზე გახდა ფოკუსირებული. 2003 წელს, მიკრო დაფინანსების პროგრამის საფუძველზე, ფონდი კრისტალი ჩამოყალიბდა, 2007 წელს კი იგი მიკროსაფინანსო ორგანიზაცია კრისტალად ტრანსფორმირდა.
2011 წელს ამერიკული საინვესტიციო ბანკი Developing World Markets კრისტალის პირველი ინსტიტუციური ინვესტორი და აქციონერი გახდა. ამ სტატუსს იგი, Incofin IM-თან ერთად, ამჟამადაც ინარჩუნებს.